Varvet grundades 1680. Under 1700-talet slut var Fredric Henric af Chapman varvsamiral och var upplevde sin storhetstid, men byggnation av linjeskepp och fregatter som Chapman ritat. Det första järnfartyget med ångmaskin var kanonbåten Disa sjösatt 1877. Varvet har byggt ett flertal örlogsfartyg, men dess huvudsakliga verksamhet har varit reparationer och underhåll av flottans fartyg. Varvets namn ändrades till Karlskronavarvet i samband med bolagiseringen 1961. Varvet ägs nu av Kockums och har namnet Kockums Karlskronavarvet (2004).