Herman Hamnqvist var son till Abraham Alfred Hamnqvist född 1826-03-27 och Hedvig Johanna Karolina Hamnqvist född 1835-07-01. Studerade vid Uppsala universitet under åren 1885-1887. Han lämnade studierna för att ägna sig åt fotografi och etablerade sig som fotograf först i Karlskrona 1 januari 1889 men flyttade därifrån år 1890.
Han öppnade sedan en ateljé vid Drottninggatan i Stockholm. År 1894 flyttade han till Biblioteksgatan 11. Hamnqvist skapade sig ett känt namn bland Stockholms fotografer. Han deltog i många utställningar inom och utanför Sverige.
Hamnqvist var kunglig hovfotograf och var en av grundarna till Svenska Fotografernas Förbund. Han satt med i styrelsen under sin livstid, som bland annat sekreterare och vice ordförande. Han gav under en kort tid ut tidskriften Fotografiska Meddelanden, men efter det att den hade lagts ner blev han medarbetare i Fotografisk tidskrift, där han senare blev redaktör.
Han var en skicklig fotograf och drev länge en av de ledande ateljéerna i Stockholm. Hamnqvist lade stor konstnärlig aspekt på sina bilder och ville få fram det sköna i Fotokonsten. När Hamnqvist fotograferade använde han ofta sig av ett kameraobjektiv som gav lätt oskärpa i bilderna. Han ville slänga ut den gamla ateljébråten, och helst komma bort från det mekaniska framställandet av
visit- och kabinettkortsformaten.
Han lämnade Stockholm 1917 och flyttade till Helsingborg, och 1920 vidare till Göteborg. Hamnqvist var under en tid föreståndare och lärare vid Göteborgs slöjdförenings skola. Han lämnade sedan fotografyrket och ägnade sig i stället åt musik. Hamnqvist begravdes den 7 februari 1946 på Norra begravningsplatsen.